Tout le monde connait le projet seti@home. Non? Je rappelle le principe : il s'agit d'installer sur son ordinateur une application qui va exploiter le temps non-utilisé pour faire des calculs destinés à décortiquer des signaux extra-terrestres dans le but de détecter des signes de vies. L'idée consiste à distribuer les calculs sur l'ensemble des machines mises à disposition. Le temps non-utilisé (donc gaspillé) de l'ordinateur devient utile.

Le même principe est mis en œuvre dans le projet Fold-It. Des chercheurs de l'université de Washington ont mis en place cette plateforme dont l'objectif est de contribuer à la recherche sur les protéines. D'après ce que j'ai compris, une protéine se replie naturellement sur elle-même dans l'état le plus compact possible. De cette configuration minimale découle ses propriétés. Par exemple, est-ce que la protéine est capable de casser le glucose ? Comme d'habitude, allez voir sur Wikipédia pour plus d'information : repliement de protéine.

La difficulté est de déduire l'état le plus compact possible à partir de la description chimique de la molécule. Les chercheurs ont mis au point des programmes permettant d'essayer de trouver cet état. En deux mots, il s'agit de trouver un état qui minimise une certaine fonction décrivant la molécule. Un certain nombre de méthodes existent pour solutionner les problèmes d'optimisation. Ces techniques permettent de trouver un bon minimum local, mais peuvent éprouver des difficultés pour trouver le minimum absolu.

C'est ici que l'humain peut intervenir. Par une intuition du problème, il peut guider la solution vers ce minimum global et laisser à la machine le soin de trouver le minimum global avec précision. C'est ainsi que les chercheurs de Washington ont mis au point un logiciel permettant de manipuler graphiquement les protéines, intégrant les vraies contraintes, pour chercher leur état le plus compact. Ensuite, la bonne idée a été de faire de ce logiciel un jeu que chacun peut télécharger. Le jeu se présente comme un série de casse-têtes en 3D ou il faut contraindre la molécule à se ramasser sur elle-même. C'est assez bien fait.

exemple

C'est ainsi que les chercheurs du projet distribuent la recherche d'une solution optimale. A la différence de proteins@home, l'équivalent de seti@home, c'est le temps libre de l'humain qui est utilisé. Et c'est donc les capacités de l'humain couplées avec celle de la machine qui cherchent la solution. Je trouve l'idée vraiment excellente. Je rappelle le lien : Fold-It. Dernier point, pas d'excuse valable, le logiciel est disponible sous windows, mac-os et linux. Que demander de plus ?

FMN.

ps : bravo à Courier International pour son dernier numéro sur les jeux vidéos.